Indien blijkt dat de pijn veroorzaakt wordt door triggerpoints, dan moeten deze behandeld worden. Maar het behandelen van de triggerpoints alleen is meestal niet voldoende. Men moet weer leren de spieren op een goede manier te gebruiken; dat betekent dat men zich bewust moet zijn van de spieren, deze moeten kunnen ontspannen en op de juiste tijd met de juiste kracht moet kunnen aanspannen. Vaak moet de te korte spier worden gerekt. Pas wanneer de spieren weer op de juiste manier functioneren, zullen ook de orgaanklachten verdwijnen.

Vaak spelen de bekkenbodemspieren ook een rol bij CPPS; ze vaak te gespannen en veroorzaken daardoor pijnklachten. Ook in de bekkenbodemspieren kunnen triggerpoints ontstaan. Te hoge spierspanning kan ook ontstaan door langdurige stress.
Zorgvuldige analyse van het gehele musculoskeletale bewegingssysteem en het pelviene orgaansysteem is nodig om de diagnose CPPS te kunnen stellen.

CPPS is een complexe aandoening en behoeft multidisciplinaire zorg. Dat betekent dat meerdere zorgverleners (bijvoorbeeld uroloog, gynaecoloog, MDL-arts, psycholoog, bekkenfysiotherapeut en verpleegkundige) ieder vanuit hun eigen specifieke deskundigheid een bijdrage leveren aan het herstel van de klacht.