De uitvoering is hetzelfde als bij het onderzoek. Ook tijdens de behandeling ligt u op uw rug of op uw zij. In een later stadium kan dit worden uitgebreid naar zitten of staan zodat u ook bij alledaagse activiteiten zoals bukken, tillen en opstaan kunt controleren of uw bekkenbodem op de juiste manier aanspant. Er wordt weer gewerkt met een vaginale of anale probe. Bij mannen wordt altijd gebruik gemaakt van een anale probe. Bij vrouwen wordt in geval van klachten op het gebied van plassen, seksuele problematiek en verzakkingen meestal gebruik gemaakt van een vaginale probe. Gaat het om klachten van de ontlasting, dan zal er gebruik gemaakt worden van een anale probe. Tijdens de menstruatie wordt over het algemeen niet inwendig gewerkt.

Voor veel mensen werkt het erg stimulerend de activiteit van hun eigen bekkenbodemspieren via een scherm te kunnen volgen. Op deze manier krijgt u een goed inzicht in wat u doet. De bedoeling van het oefenen met behulp van de myofeedback is dat u het gevoel dat hoort bij zowel aanspannen als ontspannen goed leert kennen en op den duur uw bekkenbodemspieren kunt gebruiken zonder de controle van de myofeedback.

Wanneer mensen zich goed bewust zijn hoe ze hun bekkenbodem kunnen aanspannen en ontspannen wordt er getraind op datgene wat juist de klacht (mede)veroorzaakt. Voor sommige mensen is dat het trainen van kracht waardoor ze bijvoorbeeld de urinebuis beter kunnen afsluiten of hun buikorganen beter kunnen ondersteunen. Het kan ook zijn dat de bekkenbodem juist te gespannen is en daardoor klachten geeft als het niet goed kunnen uitplassen (met mogelijk blaasontstekingen tot gevolg) of pijn bij het ontlasten en / of vrijen. In deze gevallen wordt er juist getraind op het goed kunnen ontspannen van de bekkenbodem.
Er zijn ook mensen bij wie de kracht en de spanning vrij goed is maar die deze niet op het juiste moment en / of met de juiste intensiteit kunnen gebruiken. Dat noemen we een coördinatieprobleem en ook daar moet dan op geoefend worden. Het oefenen van de bovengenoemde aspecten, kracht, spanning en coördinatie, kan met behulp van de myofeedback geoefend worden. Uiteindelijk zal het ook zonder de hulp van de myofeedback moeten kunnen om de oefeningen te kunnen inpassen in het dagelijkse leven.